Правоохранительные органы ЧРИ в большинстве случаев не рассматривали грубейшие нарушения прав человека и норм гуманитарного права представителями вооруженных формирований ЧРИ в ходе военных действий как преступления; лица, совершившие эти действия, в абсолютном большинстве не понесли никакого наказания. Этим правоохранительные органы ЧРИ не отличаются от аналогичных федеральных органов, также не желавших расследовать преступления «своих».
Вопиющее насилие над мирным населением со стороны вооруженных формирований ЧРИ в Буденновске и Кизляре (см. раздел 4.3.) не стало предметом расследования прокуратуры или МВД ЧРИ — эти органы вообще не считают данные действия преступными. Объяснения этому официальные должностные лица ЧРИ дают различные — от заявлений о том, что подобные акции являются диверсионными рейдами, допустимыми в ходе боевых действий, до оправданий типа «нас вынудила к этому федеральная сторона, творившая страшные насилия над мирными жителями». Подобные объяснения показывают как незнание норм международного гуманитарного права, так и пренебрежительное к нему отношение, когда кто-либо пытается отнести его нормы не только к действиям федеральных сил; налицо применение «двойного стандарта».
Лишь начальник Главного штаба вооруженных сил ЧРИ А.Масхадов осудил в январе 1996 г. действия С.Радуева в Дагестане и заявил, что тот будет предан суду шариата. Никаких санкций, однако, не последовало.
Точно так же не стал предметом расследования взрыв на автовокзале города Нальчика 28 июня 1996 г., совершенный по приказу командира бамутского батальона вооруженных сил ЧРИ Р.Хайхороева (см. раздел 4.3). Это вызывает особенное недоумение, поскольку данный террористический акт был совершен в период перемирия и был направлен на срыв выполнения Назрановских соглашений (см. Хронику).
Не было расследовано и похищение в октябре 1995 г. отрядом Д.Махаева сопровождавших А.Масхадова как сопредседателя Специальной наблюдательной комиссии в период переговоров российских военнослужащих — подполковника Н.П.Максименко и рядового Р.В.Морозова, ускорившее свертывание переговорного процесса.
Этот эпизод показывает, что чеченские правоохранительные органы не желали или не могли воспрепятствовать преступлениям даже в том случае, когда эти преступления ставили под вопрос само понятие «ответственного командования» с чеченской стороны.
Не расследовались: большинство случаев бессудных казней, захваты в заложники на территории Чечни гражданских лиц, воспрепятствование выезду населения из Грозного, не говоря уже о случаях неизбирательного ведения огня или размещения военных объектов среди гражданских.
Прокуратура, МВД и ДГБ ЧРИ не проявили должной заинтересованности и активности при расследовании гибели на территории, контролируемой вооруженными формированиями ЧРИ, эксперта по гуманитарным вопросам Фонда Сороса гражданина США Фреда Кюни, его переводчицы Галины Олейник и двух сопровождавших их сотрудников Российского Комитета Красного Креста. Эти органы «не смогли установить» не только виновных в гибели, но и обстоятельства гибели вышеперечисленных лиц (см. раздел 4.6).
Также ни к чему ни привело, несмотря на многочисленные обращения представителей правозащитных организаций, журналистов, депутатов РФ к властям ЧРИ, расследование обстоятельств исчезновения на территории, контролируемой вооруженными формированиями ЧРИ, корреспондентов газеты «Невское время» М.Шабалина и Ф.Титова, отправившегося на их поиски С.Иванова, украинских журналистов А.Базавлука, В.Шевченко и Е.Петровой (см. раздел 4.6).
В качестве исключения из общего правила следует упомянуть расследование действий персонала следственного изолятора ДГБ ЧРИ в отношении содержавшихся там зимой и весной 1996 г. пленных российских военнослужащих и насильственно удерживаемых гражданских лиц (см. раздел 4.5). В конце апреля в этот лагерь президентом ЧРИ З.Яндарбиевым была направлена специальная комиссия, после чего руководство и охрана лагеря были сменены. Представители особого отдела ДГБ ЧРИ сообщили узникам лагеря, что некоторые из бывших охранников арестованы, другие находятся в розыске. Позже министр внутренних дел ЧРИ К.Махашев заявил, что действия персонала лагеря признаны преступными, некоторые из охранников лагеря расстреляны, начальник разыскивается. Подтверждение этого из других источников получить не удалось: руководитель ДГБ ЧРИ А.-С.Мовсаев в разговоре с депутатом Государственной Думы РФ С.А.Ковалевым и членами Наблюдательной миссии правозащитных общественных организаций в декабре 1996 г. полностью отрицал факты казней, пыток и жестокого обращения в следственном изоляторе ДГБ ЧРИ.
Правоохранительными органами ЧРИ расследовались лишь отдельные случаи преступлений бойцов вооруженных формирований ЧРИ, совершенных против гражданских лиц на территории Чечни. Осенью 1996 г. в следственном изоляторе Грозного находились несколько лиц, совершивших такие преступления.